Nhiều doanh nghiệp đã ngừng hoạt động, không còn doanh thu hay giao dịch trong nhiều năm nhưng vẫn chưa thể hoàn tất giải thể. Khi quay lại làm thủ tục “khai tử”, chủ doanh nghiệp có thể phải xử lý hàng loạt hồ sơ, nghĩa vụ thuế tồn đọng, thậm chí chi hàng chục đến cả trăm triệu đồng để khép lại một pháp nhân đã “chết lâm sàng”…

Ông Nguyễn Đức Huy, Phó trưởng ban Nghiệp vụ thuế (Cục Thuế), cho biết chiến dịch làm sạch mã số thuế được triển khai từ giữa tháng 5, tập trung rà soát, chuẩn hóa và giảm số người nộp thuế đang ở trạng thái 03 (ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn tất thủ tục giải thể) và 06 (không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và đang có nghĩa vụ thuế chưa hoàn tất).

Tuy nhiên, đằng sau những con số đang được làm sạch là một thực tế: nhiều doanh nghiệp đã “chết lâm sàng” trong nhiều năm nhưng chưa thể hoàn tất thủ tục khai tử.

“ĐẮP CHIẾU” NHIỀU NĂM, HỒ SƠ VÀ NGHĨA VỤ VẪN TÍCH TỤ

Theo ghi nhận của VnEconomy, với các doanh nghiệp chờ giải thể, khâu khó nhất là hoàn tất nghĩa vụ thuế, kế toán, hóa đơn và chấm dứt hiệu lực mã số thuế. Theo nguyên tắc quản lý hiện hành, doanh nghiệp phải hoàn thành các nghĩa vụ liên quan trước khi được giải thể.

Từ đây hình thành nghịch lý “chết lâm sàng”: doanh nghiệp đã ngừng hoạt động nhiều năm nhưng pháp nhân vẫn tồn tại; đến khi chủ doanh nghiệp muốn xử lý dứt điểm, những nghĩa vụ bị bỏ ngỏ từ nhiều năm trước lại được rà soát, khiến việc đóng cửa trở nên phức tạp hơn.

Trên các diễn đàn về thuế, kế toán, không ít doanh nghiệp đang ở trạng thái 03 và 06 sốt ruột tìm cách xử lý nghĩa vụ để hoàn tất giải thể sau nhiều năm “đắp chiếu”.

Một chủ doanh nghiệp tại Hà Tĩnh cho biết, khi doanh nghiệp gặp khó khăn, ông từng liên hệ cơ quan thuế để hỏi thủ tục giải thể nhưng được hướng dẫn rằng không cần thực hiện đầy đủ các bước quyết toán, chỉ cần xác định doanh nghiệp không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký.

Cùng với đó, ông nghe tư vấn từ các đơn vị kế toán rằng nếu doanh nghiệp không phát sinh nợ nần hay doanh thu thì có thể “vứt ngang hồ sơ” mà không ảnh hưởng gì.

“Do không am hiểu về thuế nên tôi làm theo hướng dẫn, đi thuê nơi khác và gần như quên việc mình đang đứng tên doanh nghiệp. Tuy nhiên, sau nhiều năm, khi được yêu cầu làm thủ tục đóng mã số thuế, tôi mới phát hiện hồ sơ, sổ sách cũ không còn lưu giữ đầy đủ. Muốn đóng doanh nghiệp lại phải tìm cách khôi phục hồ sơ để cơ quan thuế kiểm tra”, chủ doanh nghiệp này cho biết.

Một trường hợp tại Hà Nội cho thấy ngay cả doanh nghiệp từng hoạt động bài bản, có doanh thu và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai, cũng có thể gặp khó khi muốn chấm dứt hoạt động. Sau hơn một năm kinh doanh không hiệu quả, doanh nghiệp này làm thủ tục tạm ngừng từ cuối năm 2022 và không phát sinh thêm hoạt động hay doanh thu kể từ đó.

Tuy nhiên, khi muốn giải thể, chủ doanh nghiệp được văn phòng luật tư vấn rằng thủ tục tương đối phức tạp nên chưa thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế. Gần đây, khi kiểm tra trên eTax mới bất ngờ thấy doanh nghiệp bị ghi nhận “không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký”.

“Công ty có quy mô nhỏ, không nợ ngân hàng, không nợ lương công nhân, nhưng thủ tục đóng mã số thuế không hề đơn giản. Nguyên nhân là cơ quan thuế liên tục yêu cầu giải trình, bổ sung hóa đơn, chứng từ từ nhiều năm trước”, chủ doanh nghiệp này phản ánh.

CHI PHÍ “KHAI TỬ” PHÌNH TO

Vướng mắc không chỉ nằm ở thủ tục mà còn nằm ở chi phí để xử lý những tồn đọng của một doanh nghiệp đã ngừng hoạt động nhiều năm. Theo một chủ doanh nghiệp tại Hà Nội khi tìm hiểu thủ tục đóng mã số thuế và giải thể, tổng số tiền có thể phải xử lý lên tới 47,7 triệu đồng.

Tổng chi phí phải xử lý gồm: phí mua chữ ký số 1,2 triệu đồng; phí dịch vụ nộp tờ khai, báo cáo 5 triệu đồng; phí dịch vụ thực hiện hồ sơ giải thể 5 triệu đồng; phí dịch vụ mở mã số thuế 3,5 triệu đồng; thuế môn bài 6 triệu đồng; phạt chậm nộp thuế môn bài 4 triệu đồng; phạt tờ khai thuế giá trị gia tăng 11,5 triệu đồng và phạt tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp 11,5 triệu đồng".

Chủ một doanh nghiệp tại Hà Nội

“Đã kinh doanh thua lỗ, giờ muốn đóng doanh nghiệp lại phải mất một khoản tiền lớn như vậy. Đối với một doanh thất bại phải đóng cửa thì không biết phải lấy tiền đâu ra để đóng phạt”, chủ doanh nghiệp nói.

Trao đổi với phóng viên, ông Lê Văn Tuấn, Giám đốc Công ty TNHH Kế toán Thuế Keytas, cho biết nhiều doanh nghiệp ngừng hoạt động trong thời gian dài, đến khi làm thủ tục giải thể lại không còn đầy đủ sổ sách, chứng từ. Đây là một trong những hệ quả của việc doanh nghiệp bị bỏ trôi trong thời gian dài.

Khi không còn hoạt động, nhiều chủ doanh nghiệp có thể không tiếp tục lưu giữ hồ sơ hoặc không còn quan tâm đến việc hoàn tất thủ tục. Điều này dẫn đến tình trạng khi quay lại xử lý chứng từ thất lạc làm quá trình giải thể càng khó khăn, đồng thời có thể phát sinh thêm trách nhiệm liên quan đến lưu trữ hồ sơ kế toán khiến chi phí “phình to”, ông Tuấn phân tích.

Thành lập doanh nghiệp có thể chỉ mất vài triệu đồng, nhưng để “khai tử” một pháp nhân đã bỏ không nhiều năm có thể phải bỏ ra hàng chục, thậm chí cả trăm triệu đồng, đây là phản ánh từ một chủ doanh nghiệp tại Nha Trang.

Chủ doanh nghiệp này cho biết, nếu chi phí thành lập ban đầu chỉ khoảng 1,5 - 3 triệu đồng thì chi phí xử lý để đóng doanh nghiệp sau nhiều năm bỏ không có thể lên tới 70 triệu đồng, thậm chí cao hơn bởi phải thuê thêm dịch vụ kế toán dọn dẹp, làm lại toàn bộ sổ sách từ các năm cũ.

Đây không phải là phí giải thể, mà chủ yếu là các khoản nghĩa vụ tích tụ trong thời gian doanh nghiệp không hoàn tất thủ tục: lệ phí môn bài, tiền phạt chậm nộp tờ khai, phạt vi phạm về báo cáo thuế, tiền chậm nộp và chi phí thuê dịch vụ kế toán để khôi phục, hoàn thiện sổ sách, báo cáo tài chính của những năm cũ.

“Tổng các khoản phạt, truy thu và dịch vụ có thể lên tới 70 - 100 triệu đồng. Thủ tục thành lập khá nhanh chóng, nhưng khi muốn khai tử một pháp nhân đã ngừng hoạt động nhiều năm thuế thì lại phải đối mặt với cả núi chi phí”, chủ doanh nghiệp than thở.

KHÔNG THỂ CHỈ XEM LÀ LỖI CỦA DOANH NGHIỆP

Trong chiến dịch làm sạch dữ liệu người nộp thuế, ngành Thuế đang rà soát hàng trăm nghìn doanh nghiệp đã ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn tất giải thể, chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

Trong 8 tháng năm 2026, cơ quan thuế đã hoàn tất đóng mã số thuế cho gần 72.000 doanh nghiệp, tổ chức thuộc hai nhóm này. Quy mô số doanh nghiệp ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn tất thủ tục giải thể cho thấy vướng mắc này không chỉ bắt nguồn từ ý thức tuân thủ của từng chủ doanh nghiệp.

"Một bộ phận doanh nghiệp không còn kinh doanh nhưng do thủ tục kéo dài, phức tạp nên chủ doanh nghiệp dần bỏ cuộc. Tuy nhiên, cũng ghi nhận trường hợp doanh nghiệp từng liên hệ với cơ quan chức năng để làm thủ tục nhưng việc xử lý không hoàn tất.

Lỗi của chủ doanh nghiệp là điều không thể phủ nhận nhưng nguyên nhân không chỉ nên nhìn nhận xuát phát từ một phía".

Bà Nguyễn Thị Cúc, Chủ tịch Hội Tư vấn thuế Việt Nam đánh giá, các khoản tiền phát sinh thực sự là khó khăn đối với những doanh nghiệp, hộ kinh doanh không cố tình vi phạm. Có trường hợp doanh nghiệp được thành lập nhưng đã thông báo tạm ngừng và sau đó không phát sinh doanh thu, chi phí nhưng đến nay mới làm thủ tục đóng cửa chính thức thì số tiền phải nộp có thể lên tới hàng chục, thậm chí hàng trăm triệu đồng.

Đáng lưu ý, thời gian không hoạt động không đồng nghĩa với việc các vấn đề liên quan đến nghĩa vụ thuế và hồ sơ tự động biến mất. Ngược lại, càng để lâu, doanh nghiệp càng có nguy cơ phải quay lại xử lý các nghĩa vụ kê khai, thuế, tiền phạt và tiền chậm nộp phát sinh trong một khoảng thời gian kéo dài.

Ở góc độ cơ quan quản lý, Bộ Tài chính khẳng định doanh nghiệp chỉ được giải thể sau khi thanh toán đủ các khoản nợ và nghĩa vụ tài sản. Với doanh nghiệp được xác định không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký, đơn vị phải hoàn tất thủ tục đóng mã số thuế khi nộp hồ sơ giải thể. Những trường hợp không có dấu hiệu rủi ro sẽ được cơ quan quản lý ưu tiên giải quyết nhanh.

Theo Phó trưởng ban Nghiệp vụ thuế (Cục Thuế), đối với những trường hợp thực tế đã ngừng hoạt động, không phát sinh doanh thu, hóa đơn và hoạt động sản xuất, kinh doanh, cơ quan thuế đang tiếp tục rà soát để nghiên cứu, đề xuất hướng xử lý phù hợp với cấp có thẩm quyền.

"Chúng tôi sẽ báo cáo cấp có thẩm quyền để có giải pháp tháo gỡ cho những trường hợp không phát sinh hóa đơn, không có hoạt động sản xuất, kinh doanh, nhằm vừa bảo đảm yêu cầu quản lý vừa hạn chế những thủ tục không cần thiết đối với người nộp thuế", ông Huy nói.

Đón đọc: Bài 2: Doanh nghiệp “chết lâm sàng” và ranh giới tạm hoãn xuất cảnh