Một trong những điểm nổi bật trong Dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 08/2015/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật Hải quan là phải đạt ngưỡng kim ngạch xuất nhập khẩu tối thiểu mới được hưởng chế độ ưu tiên khi làm thủ tục hải quan...

Theo đó, để được công nhận là doanh nghiệp ưu tiên trong thủ tục hải quan, tổ chức phải đồng thời đáp ứng các tiêu chí về tuân thủ pháp luật, năng lực tài chính và hệ thống kiểm soát nội bộ.

Trong đó, điều kiện về tuân thủ pháp luật được quy định rõ: doanh nghiệp không vi phạm nghiêm trọng pháp luật thuế và hải quan trong vòng 24 tháng trước thời điểm đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên.

Đặc biệt, các hành vi như trốn thuế, buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa, tiền tệ qua biên giới, hay các vi phạm hành chính có mức xử phạt vượt thẩm quyền của Đội trưởng Hải quan đều là các yếu tố khiến doanh nghiệp không đủ điều kiện.

Về mặt tài chính, doanh nghiệp phải áp dụng đầy đủ các chuẩn mực kế toán hiện hành và có báo cáo tài chính được kiểm toán bởi tổ chức kiểm toán độc lập hợp pháp. Báo cáo kiểm toán phải đưa ra ý kiến chấp nhận toàn phần, không có ngoại lệ hoặc ý kiến loại trừ.

Với các doanh nghiệp mới hoạt động dưới hai năm, cơ quan hải quan chỉ xem xét các điều kiện kế toán trong thời gian thực tế doanh nghiệp đã hoạt động kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh. 

Khoản 3 Điều 10 Dự thảo quy định doanh nghiệp đề nghị hưởng chế độ ưu tiên cũng phải xây dựng và duy trì hệ thống kiểm soát nội bộ với nhiều tiêu chí. Các tiêu chí này bao gồm quản lý chứng từ, giám sát nội bộ, phòng ngừa rủi ro an ninh chuỗi cung ứng, giám sát an ninh mạng, và kiểm soát thông tin nhân sự.

Trong đó, hệ thống camera giám sát tại khu vực lưu trữ hàng hóa phải hoạt động 24/24, kể cả ngày nghỉ, và lưu trữ dữ liệu tối thiểu trong vòng ba tháng. Nhân sự tại các vị trí trọng yếu như giám đốc, kế toán trưởng, trưởng bộ phận xuất nhập khẩu phải có lý lịch tư pháp rõ ràng, không có tiền án tiền sự, hoặc đã được xóa án tích. 

Ngoài ra, quan hệ với các đối tác thương mại cũng được kiểm soát nghiêm ngặt: hợp đồng ký kết phải bao gồm điều khoản đảm bảo an ninh chuỗi cung ứng phù hợp với tính chất và quy mô doanh nghiệp.

Dự thảo cũng đưa ra ngưỡng kim ngạch xuất nhập khẩu tối thiểu để được xét chế độ ưu tiên, tính bình quân trong 2 năm liên tục (không bao gồm xuất nhập khẩu ủy thác), gồm: (1) Doanh nghiệp xuất nhập khẩu thông thường: từ 100 triệu USD/năm; (2) doanh nghiệp xuất khẩu hàng sản xuất tại Việt Nam: từ 40 triệu USD/năm; (3) doanh nghiệp chuyên xuất khẩu nông sản, thủy sản: từ 30 triệu USD/năm

Theo dự thảo, doanh nghiệp gửi hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên đến Cục Hải quan. Hồ sơ bao gồm: văn bản đề nghị, báo cáo tình hình xuất nhập khẩu, báo cáo tuân thủ pháp luật về hải quan và thuế, báo cáo tài chính, hệ thống kiểm soát nội bộ.

Cục Hải quan sẽ thực hiện hai bước thẩm định. Bước 1 thẩm định hồ sơ, đánh giá thông tin doanh nghiệp cung cấp, thời gian tối đa 5 ngày làm việc. Bước 2 thẩm định thực tế, kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, thời gian không quá 10 ngày.

Nếu doanh nghiệp đã được kiểm tra sau thông quan trong vòng hai năm gần nhất, kết quả này sẽ được sử dụng thay cho bước thẩm định thực tế.

Thời hạn hiệu lực của quyết định công nhận chế độ ưu tiên là 3 năm. Doanh nghiệp có thể được gia hạn nếu tiếp tục đáp ứng các điều kiện, sau khi được cơ quan hải quan đánh giá lại.

Trong trường hợp doanh nghiệp không duy trì đủ điều kiện, cơ quan hải quan có quyền tạm đình chỉ hoặc đình chỉ hẳn chế độ ưu tiên. Đối với tình huống doanh nghiệp không thực hiện nghĩa vụ theo Điều 45 Luật Hải quan dù đã được nhắc nhở, Cục trưởng Cục Hải quan có thể ra quyết định đình chỉ sau 90 ngày.

Cơ quan hải quan cũng có trách nhiệm giám sát định kỳ việc duy trì điều kiện của doanh nghiệp ưu tiên, bao gồm việc kiểm tra tại trụ sở định kỳ hoặc đột xuất, cũng như phối hợp xử lý vướng mắc trong quá trình áp dụng chính sách ưu đãi.

Dự thảo cũng khuyến khích doanh nghiệp chủ động tìm hiểu và tham vấn với cơ quan hải quan trước khi nộp hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên. Điều này giúp tránh thiếu sót và giảm rủi ro bị từ chối hồ sơ.

Bên cạnh nội dung về chế độ ưu tiên, dự thảo còn đề xuất điều chỉnh một số quy định kỹ thuật như cập nhật quy trình khai báo điện tử, trị giá hải quan, phương thức kiểm tra sau thông quan, và các quy định phối hợp giữa cơ quan hải quan và các cơ quan kiểm tra chuyên ngành.