Việc áp dụng các quy định mới về khai bổ sung hồ sơ và hủy tờ khai đang đặt ra không ít lúng túng cho hải quan khu vực. Những vướng mắc trong cách xác nhận chứng từ, xử lý tờ khai buộc tái xuất, tiêu hủy đòi hỏi phải có hướng dẫn thống nhất để tránh ách tắc nghiệp vụ…

Thông tư 121/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính đã sửa đổi, bổ sung nhiều quy định liên quan đến thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu.

Tuy nhiên, trong quá trình triển khai, một số đơn vị hải quan địa phương đã phản ánh những vướng mắc phát sinh, nổi cộm là liên quan đến khai bổ sung hồ sơ hải quan và xử lý tờ khai trong trường hợp hàng hóa buộc tái xuất, tiêu hủy.

Về khai bổ sung hồ sơ hải quan, theo quy định tại điểm a.8 khoản 2 Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung qua các thông tư liên quan và cập nhật tại Thông tư 121/2025/TT-BTC), đối với tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu có phương thức vận chuyển là hàng rời, hàng xá, nếu sau khi hàng đủ điều kiện qua khu vực giám sát nhưng phát sinh chênh lệch về số lượng, trọng lượng so với khai báo thì công chức hải quan phải kiểm tra, xác nhận trên Phiếu cân hàng của cảng hoặc Biên bản nhận hàng có đại diện người bán ký xác nhận hoặc Biên bản ghi nhận tại hiện trường giám định.

Trong khi đó, khoản 1 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC quy định việc xuất trình các chứng từ, trong đó hồ sơ khai bổ sung được thực hiện qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

Sự kết hợp giữa yêu cầu xác nhận trên chứng từ giấy và quy định nộp hồ sơ qua hệ thống điện tử đã làm nảy sinh cách hiểu khác nhau tại cơ sở. Theo phản ánh từ Chi cục Hải quan khu vực VIII, thực tiễn trên nảy sinh hai vấn đề:

Thứ nhất, việc xác nhận của công chức hải quan sẽ thực hiện hoàn toàn trên chứng từ giấy và lưu hồ sơ hay có thể xác nhận trên hệ thống điện tử (E5) ?

Thứ hai, với các lô hàng mở tờ khai tại hải quan ngoài cửa khẩu, trong trường hợp hải quan cửa khẩu nơi giám sát không thể truy cập đầy đủ hồ sơ trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử, việc xác nhận chứng từ được thực hiện theo phương thức nào?

Đặc biệt, tại khu vực cảng biển có hoạt động chuyển tải, sang mạn, neo đậu, nơi điều kiện giám sát trực tiếp còn hạn chế, đơn vị đề xuất Cục Hải quan xem xét áp dụng cơ chế xác nhận trên hệ thống điện tử nhằm giảm hồ sơ giấy và tạo thuận lợi cho hoạt động thông quan.

Phản hồi nội dung này, Cục Hải quan cho biết khi khai sửa đổi, bổ sung thì người khai hải quan nộp bản Phiếu cân hàng của cảng hoặc Biên bản nhận hàng có đại diện người bán ký xác nhận hoặc Biên bản ghi nhận tại hiện trường giám định về số lượng, trọng lượng có xác nhận của công chức giám sát cho Hải quan nơi đăng ký tờ khai thông qua hệ thống để hoàn tất thủ tục.

Đối với hoạt động chuyển tải, sang mạn tại cảng biển, căn cứ quy định tại Điều 52b Thông tư 38/2015/TT-BTC, việc giám sát được thực hiện trên cơ sở thu thập thông tin, phân tích và đánh giá rủi ro, Cục Hải quan cho biết.

Tùy từng trường hợp, Đội trưởng Hải quan quản lý khu vực có thể phân công công chức giám sát thông qua: hệ thống seal định vị điện tử gắn trên phương tiện vận chuyển nội địa; hệ thống nhận dạng tự động hàng hải (AIS) hoặc giám sát trực tiếp, cơ động kết hợp tuần tra, kiểm soát địa bàn và phối hợp với lực lượng chức năng.

Căn cứ kết quả giám sát và đối chiếu chứng từ do người khai nộp, nếu đủ cơ sở xác định phù hợp thực tế, công chức giám sát sẽ ký xác nhận để làm căn cứ khai bổ sung.

Một nội dung khác cũng gây lúng túng cho các chi cục Hải quan khu vực là quy định tại Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung qua các thông tư liên quan và cập nhật tại Thông tư 121/2025/TT-BTC) về hủy tờ khai hải quan.

Theo đó, so quy định trước đây, quy định về Tờ khai hải quan đã đăng ký nhưng hàng hóa không đáp ứng các quy định về quản lý, kiểm tra chuyên ngành, sau khi xử lý vi phạm với hình thức phạt bổ sung là buộc phải tái xuất hoặc tiêu hủy đã bị bãi bỏ.

Đơn vị đề xuất vẫn cho phép hủy tờ khai trong trường hợp này, bởi khi tái xuất hàng hóa sẽ thực hiện theo biên bản giám sát mà không mở tờ khai xuất mới, do đó cần hủy tờ khai nhập khẩu ban đầu để bảo đảm đồng bộ dữ liệu.

Về vấn đề này, Cục Hải quan khẳng định các trường hợp hàng hóa bị buộc tái xuất, tiêu hủy hoặc bị tịch thu theo quyết định xử lý hành chính, hình sự không thuộc diện hủy tờ khai.

Cục Hải quan cho biết sau khi hoàn thành hình thức xử phạt bổ sung, công chức hải quan thực hiện cập nhật thông tin vụ việc trên Hệ thống tại mục “Cập nhật ý kiến của công chức xử lý” và chuyển xử lý thủ công bằng nghiệp vụ PAI/PEA với mã lý do MID.

Trong khi đó, trường hợp được hủy tờ khai quy định tại Điều 22 chỉ áp dụng khi hàng hóa đã đăng ký tờ khai nhưng còn trong khu vực giám sát và người khai từ chối nhận hàng theo quy định tại Nghị định 08/2015/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 167/2025/NĐ-CP) hoặc người nhập khẩu không đáp ứng điều kiện là người khai hải quan, Cục Hải quan nhấn mạnh

Đối với trường hợp này, sau khi hoàn tất thủ tục từ chối nhận hàng và giám sát tái xuất, hải quan nơi đăng ký tờ khai mới thực hiện hủy theo quy định.